Jednym z głównych zarzutów, który obciąża pontyfikat Karola Wojtyły, to zatajanie pedofilstwa duchownych. JP2 oraz długoletni szef Kongregacji Nauki i Wiary, kard. Ratzinger wymagali bezwzględnego respektowania postanowień dwóch dokumentów.
Pierwszy z nich, to tajna instrukcja autorstwa kard. Alfreda Ottavianiego "Instructio De Modo Procedendi In Causis Sollicitationis", podpisana w 1962 roku przez papieża Jana XXIII, zakazująca ujawniania przypadków pedofilii pod groźbą klątwy dla ujawniających i nakazującą skłanianie ofiar do milczenia też pod groźbą klątwy(źródłem przecieku poza Kościół katolicki jest katolicki ksiądz Thomas Doyle, który treść opracowania wraz z wytycznymi ujawnił w 2003 roku). JP2 bezwzględnie wymagał od swoich podwładnych respektowania tego aktu.
Okres pontyfikatu JP2, to seria zatajania pedofilstwa duchownych. Ten problem był jedną z głównych przyczyn tego, że społeczeństwa takich krajów jak Francja czy Irlandia wyraźnie odeszły od religii. We Francji skala zjawiska jest taka, że na pedofila mówi się zwyczajowo "proboszcz".
Drugi dokument - "Crimen sollicitationis", także wydany w 1962 r. W myśl litery opracowania należy niezwłocznie otoczyć opieką księdza, oskarżonego o seksualne wykorzystywanie małoletniego i przenoszenie go z parafii do parafii. Skandal seksualny musi być opanowany i pójść w zapomnienie. Buntownicy i osoby, które do niego doprowadziły, zneutralizowani i ukarani. Skutkiem tego, zaszczuta rodzina ofiary musi opuścić miejscowość, w której mieszka, albowiem za sprawą agitacji z ambony, jest ona przedmiotem ostracyzmu ze strony wspólnoty lokalnej.