Jednostka została sformowana 1 lipca 2011 roku, w garnizonie Gliwice, na bazie rozwiązanego Oddziału Specjalnego Żandarmerii Wojskowej w Gliwicach. Agat jest w założeniu lekką jednostką szturmową o charakterze powietrznodesantowym jak 6 Brygada Powietrznodesantowa, wykonującą akcje bezpośrednie w ugrupowaniu i na tyłach przeciwnika. Gliwicka jednostka WS RP ma być "kuźnią kadr" dla żołnierzy, którzy w przyszłości, jeśli się sprawdzą, będą mogli przejść do innych jednostek Wojsk Specjalnych.

Głównym zadaniem jednostki jest dywersja na tyłach i w ugrupowaniach przeciwnika. Typowe zadanie dla Jednostki Wojskowej Agat brzmi: "zniszczyć" lub "znaleźć i zniszczyć". Jednak w odróżnieniu od innych jednostek WS RP np. Jednostka Wojskowa Komandosów, których operatorzy prowadzą głównie precyzyjne akcje specjalne na głębokich tyłach przeciwnika, szkolenie sił sojuszniczych do walki (działania nieregularne, dywersja), działania rajdowe itp. działania specjalne, głównym zadaniem gliwickich żołnierzy ma być w czasie akcji bojowych jednostek wojskowych pierwszego rzędu prowadzić działanie pozorujące oraz zabezpieczające czyli branie na siebie głównego ciężaru walki z przeciwnikiem uzbrojonym w sprzęt pancerny czy wojskowe statki powietrzne. Skopiowane z Wikipedii.